В 1995 году Hideaki Anno написал сюжет и спродюсировал спорное аниме Neon Genesis Evangelion. Этот мульт стал популярен среди фанатов аниме в Японии, а также и в других странах. Предполагается, что Анно рассчитывал на то, что Ева достигнет такой популярности у отаку, что станет точкой опоры для подъема угасающей индустрии аниме. Но по ходу развития, Евангелион, критикуя сложившуюся культуру, перерос в нечто большее, а точнее в неменее спорный, но довольно удачный(принес более 10 млн $) фильм The End of Evangelion (1997). Hideaki Anno в конечном счете будет ставить реальные фильмы.

Многие серии телевизионного показа Евангелиона были настолько спорными и неоднозначными, что TV Tokyo пришлось ужесточить цензуру насилия и секса в аниме. В результате этого Cowboy Bebop (1998) был урезан и было показано только около половины задуманных серий. В последствии требования немного смягчили, но Евангелион оставил свой отпечаток на аниме в целом.

В дополнение Ева положила начало так называемым "post-Evangelion" сериалам, большинство из которых было про огромных роботов со сложным религиозным или психологическим сюжетом. В качестве примера можно привести RahXephon, Brain Powerd и Gasaraki. Так же к ним относятся и сериалы, которые показывали ночью по японскому телевидению. Начиная с Serial Experiments Lain (1998), ночные показы стали использоваться для экспериментальных аниме, таких как Boogiepop Phantom (2000), Texhnolyze (2003) и Paranoia Agent (2004).

Стиль рисования, начатый Takashi Murakami, комбинирующий японскую поп-культуру с постмодерным направлением, называющийся Superflat, тоже начал использоваться в это время. Murakami утверждал, что движение - это взгляд на послевоенную японскую культуру глазами отаку. Выставки работ этого художника были особенно популярными в Японии и немало повлияли на аниме-режиссеров , особенно из студии Studio 4°C.

месте с экспериментальными ночными показами, этот период ознаменовался резким ударом по субкультуре отаку. Многие сериалы, которые показывали в ночное время, были основаны на эротических играх(h-games) и созданы специально для заядлых отаку. Среди таких аниме были Green Green (2003), Mahoromatic (2001) и Hand Maid May (2000). Такие сериалы были подвергнуты жесткой критике и признаны содержащими сцены сексуального характера( с изображением идеализированных пропорций женского тела), а также нарушающими традиционные представления об аниме и созданными специально для фанатов. Хотя в то же время некоторые из этих мультиков принесли солидный доход.

1990-е увидели расцвет Покемонов(Pokemon), которых некоторые называют одним из лучших аниме когда-либо созданных. Популярная видео игра переросла в аниме с несколькими сезонами, трансляцией зарубежом, карточную игру, игрушки и многое другое. По некоторым оценкам, одно из лучших аниме, Dragon Ball Z, также было создано в этот период.

Поздние 90-е и начало 2000-ого увидели растущее признание аниме зарубежом. Cowboy Bebop был популярен в Японии и имел большой успех на Западе. Spirited Away разделил первый приз в 2002 году на кинофестивале в Берлине и выиграл "Academy Award for Best Animated Feature" в 2003. Innocence: Ghost in the Shell режиссера Oshii был номинирован на награды на Каннском фестивале в 2004 году.

Помогло широкому распространению аниме по миру Animax, признанное самым большим 24-часовым кабельным телевидением, где показывают только аниме. Трансляция велась по всему миру, включая Японию, Тайвань, Гонконг, Филиппины, Южную Азию, всю индийскую часть, Бразилию, Латинскую Америку, Южную Корею и другие регионы.