Если честно не припомню ни одного аниме с подобным разделением. Обычно и плохие и хорошие носят стандартный камуфляж, реже форму, уникальную для мира данного аниме. Что японцы очень любят использовать дизайн формы СС или Вермахта, это есть такое, но опять же такую форму могут носить любые персонажи.
Вообще, для островной страны почитание флота, явление обычное, возьмите ту же Великобританию или США. У англичан долгое время героями были моряки, а у США до сих пор большая часть героев выходцы из ВМФ или Корпуса Морской Пехоты.
Да, уж помню, "Арасияма Ринато, 26 лет, майор Императорского флота, 100 дан кендо". Но можно ли привести еще несколько подобных случаев? А то выстаивать закономерность на примере одного единственного случая, не совсем верно.