Личный состав отряда состоял в основном из бывших крестьян, ремесленников, торговцев и самураев низшего ранга. При зачислении важно было только умение владеть оружием, способность учиться и согласие подчиняться очень жёстким требованиям внутреннего Кодекса. Споры об авторе данного устава продолжаются до сих пор, называются имена как Исами Кондо, так и Камо Серизавы, но есть большая вероятность того, что его автором был всё же Тошизо Хидзиката (его известная суровость и прямота говорят в пользу этой версии). В Кодексе содержалось пять основных статей:
• 1 статья: запрещается сходить с пути воина;
Dai ichijou: Shidou ni somuki majiki koto;
• 2 статья: запрещается покидать отряд;
Dai nijou: Kyoku wo dassuru kotowo yurusazu;
• 3 статья: запрещается добывать деньги частным образом;
Dai sanjyou: Katte ni kinsaku itasubekarazu;
• 4 статья: запрещается принимать участие в чьи-либо спорах, если они не касаются отряда;
Dai shijou: Katte ni soshou toriatsukaubekarazu;
• 5 статья: запрещается участвовать в чужих поединках.
Dai gojou: Watakushi no tousou wo yurusazu.
Наказанием за нарушение любой из статей Кодекса являлось сэпукку (ритуальное вспарывание живота). Помимо этого, устав содержал следующие требования:
o если командир подразделения был смертельно ранен в бою, все члены подразделения должны сражаться и умереть на том же самом месте;
Kumigashira ga moshi toushi shita baaiwa, kumishuu wa sono ba de toushi subeshi;
o даже если в битве были большие потери, не позволено забирать тела погибших за исключением командира подразделения;
Hageshiki kokou ni oite shishou zokushutsusutomo kumigashira no shitai no hoka wa hikishirizokukotomakarinarazu;
o если член отряда был вовлечён в поединок с незнакомцем, неважно, случилось это в служебное время или нет, и если он был ранен и не смог убить своего врага, позволив ему скрыться, даже если это была вероломная атака со спины, он обязан совершить сэпукку.
Moshi taishiga koumuni yorazushite machi de taigai no mono to arasoi, teki to yaiba wo kawashi, jibunga kizu wo oite aite wo shitomekirazuni nigashita baai, ushirokizu no baai no gotokimo seppuku wo meizuru.

УЖАСЫ КАМО СЕРИЗАВЫ
Один из командиров Мибумура Росингуми - Камо Серизава - по праву считался хорошим мечником и мастером во владении железным веером, но более всего он был знаменит своими дурными привычками (постоянно посещал публичные дома, убивал людей по прихоти, напивался и часто вёл себя неподобающим образом), которые оставались безнаказанными лишь потому, что Серизава всегда пользовался своим служебным положением. Его жестокость компрометировала всех "Странников из Мибу", в результате чего местные жители стали называть отряд не иначе как Мибуро - "Волки Мибу". Не отставал от Камо Серизавы и его первый помощник Нишики Ниими. Однажды командир и его заместитель потребовали у хозяина одного из магазинов Киото скидки на дорогие товары, но владелец лавки отказал им, объяснив, что подобные требования не имеют под собой оснований. Разъярённые Серизава и Ниими выстрелили по магазину из пушки, и спустя несколько часов в этом же районе сгорела одна из гостиниц.
Другой инцидент с участием Серизавы оказался ещё более вызывающим. Когда в столице начали появляться разрозненные группы реформистов-мятежников, которые совершали разбойные нападения на купцов, ведущих торговлю с иностранцами, "Странникам из Мибу" была поручена охрана торговца Сюбея Ямато. Разбойники уже не раз угрожали убить его, поэтому купец всерьёз опасался за свою жизнь. В то же самое время, надеясь на дополнительную защиту, Ямато заплатил очень большие деньги одному из членов семьи Дайго (клана, приближённого к Императору). Узнав об этой сделке, Камо Серизава пришёл в ярость, так как Ямато не заплатил ни единого рю членам его отряда. Взяв с собой единственную имевшуюся пушку и шестерых человек в качестве поддержки, поздним вечером Серизава подошёл к дому торговца и попытался добиться встречи с ним, но испуганные слуги настаивали на том, что их хозяин отсутствует. Зная, что ему лгут, Камо Серизава приказал обстрелять особняк Сюбея Ямато и затем поджечь его. И пока его подчинённые с усердием выполняли приказ командира, смеющийся Серизава стоял на крыше соседнего дома и наблюдал за тем, как дом торговца за минуты превратился в руины.

18 АВГУСТА 1863 ГОДА - РОЖДЕНИЕ ШИНСЕНГУМИ
С прибытием в Эдо сёгуна Иэмоти Токугавы, провинция Тёсю приложила все силы для реализации своих планов по восстановлению власти Императора и свержению правительства сёгуната. Предводителям патриотов Тёсю - Когоро Кацуре, Синсаку Такасуги и Гензо Кусаке - удалось проникнуть в Императорский дворец и заручиться поддержкой советников Императора. К тому времени у провинции Тёсю ещё оставалась привилегия охранять врата Императорского дворца, поэтому лидеры реформистов без труда проникали в него, чтобы обсудить с союзниками детали заговора против сёгуната.
13 августа 1863 года народу было объявлено о том, что Император собирается посетить фамильную гробницу и после этого остановиться во дворце Изе. Таким образом был подан тайный знак реформистам, в задачу которых входило мнимое "пленение" Императора и поджог столицы, после чего армия Тёсю намеревалась отправиться в Эдо и свергнуть бакуфу. Но об этом заговоре стало известно Такамори Мацудайре - правителю провинции Aйзу. После встречи с одним из людей, приближённых к Императору, Мацудайра понял, что для противостояния силам Тёсю необходима более сильная армия. Поэтому им было принято решение объединиться с армией провинции Сатсума, правитель которой был верен сёгунату. После этого оставалось лишь раскрыть Императору истинную причину его остановки в замке Изе. Несмотря на то, что он был против политики сотрудничества бакуфу с иностранцами, Император не собирался выступать против Токугавы, поскольку его младшая сестра была женой сёгуна.
18 августа 1863 года вышел указ, согласно которому Император отложил посещение гробницы. Воинам из провинций Айзу и Сатсума была дана привилегия защищать Императорский дворец, в то время как этого права лишилась провинция Тёсю, лидерам которой было приказано вернуться на свою территорию. Также из дворца были изгнаны семь советников Императора - реформисты из движения "Сонно Дзёй", стоявшие за организацией заговора. Узнав о произошедшем, армия Тёсю устремилась к воротам дворца, но натолкнулась на непроходимую оборону солдат Айзу и Сатсумы. Лишь после этого лидеры Тёсю приняли решение отступить на восток. Их армия вернулась в родную провинцию, попутно охраняя семерых изгнанных советников.
Среди тех, кто защищал дворец Императора, были и "Странники из Мибу". В день, когда стало известно о заговоре против бакуфу, в Мибу прибыл представитель из Айзу, который передал командирам Мибумура Росингуми приказ выдвинуться в Киото для защиты Императорского дворца. Это был первый раз, когда "Странникам" предстояло участвовать в полномасштабной битве, и потому Камо Серизава отнёсся к этому приказу очень серьёзно. Он собрал всех людей и выстроил их в две колонны по 40 человек. Каждый воин был одет в цвета провинции Айзу, над их головами развевалось алое знамя и все они стремились как можно быстрее вступить в бой. В этот же день Император придал "Странникам" официальный статус. Через своих советников, Синкацу Номийю и Игатена Асуку, он передал указ, согласно которому отряд Мибумура Росингуми преобразовывался в воинское подразделение с новым названием - Шинсенгуми (Новая Гвардия). Вскоре силы Шинсенгуми выступили в Киото. Шествие возглавлял Камо Серизава, в середине между колоннами шёл Исами Кондо и замыкал движение Нишики Ниими. Когда колонны Новой Гвардии достигли ворот дворца, дорогу им преградили воины Айзу, ещё не знавшие о появлении подкрепления. Обнажив свои мечи и выставив копья, они потребовали незнакомцев назвать свои имена. Кондо и Ниими были обескуражены подобным поворотом событий и поэтому долго не могли ничего сказать. Не дождавшись ответа, воины Айзу метнули в командиров несколько копий, но внезапно впереди всех оказался Камо Серизава. С высокомерным смехом он отбил все копья своим железным веером и прокричал: "Мы - Новая Гвардия, и мы действуем по приказу провинции Айзу. Не нужно недооценивать нас, иначе вы пожалеете об этом!". Эти слова охладили пыл воинов - они были поражены дерзостью Серизавы. Вскоре у дворца появились начальники охраны, которые разъяснили солдатам всю ситуацию. С этого дня воины провинции Айзу прониклись огромным уважением к Шинсенгуми за их храбрость и отвагу. Той ночью Новой Гвардии было поручено охранять южные ворота дворца, но первый бой, которого так ждали в Шинсенгуми, не состоялся.

16 СЕНТЯБРЯ 1863 ГОДА - ВТОРОЕ РОЖДЕНИЕ ШИНСЕНГУМИ
После инцидента с Сюбеем Ямато Такамори Мацудайра был вынужден отдать приказ об устранении Камо Серизавы. Кондо и его заместитель Тошизо Хидзиката чётко осознавали, что убийство Серизавы сопряжено со множеством трудностей, так как он был одним из трёх командиров Шинсенгуми, которого поддерживали лучшие воины подразделения - Нишики Ниими и Горо Хирайяма. После недолгих раздумий Кондо и Хидзиката решили сперва избавиться от помощников Серизавы, и их первой целью стал Нишики Ниими. В начале сентября 1863 года он был вынужден совершить сэпукку за нарушение первой и третьей статей Кодекса Шинсенгуми (Ниими часто обвиняли в вымогательствах и грабежах торговцев, а также в поведении, недостойном воина).
Следующей своей целью Кондо и Хидзиката избрали Камо Серизаву. 16 сентября 1863 года состоялось плановое собрание Шинсенгуми. Обычно после него происходило бурное празднование с участием Серизавы и его людей, и этот день не стал исключением. К ночи опьянённый командир уже не мог самостоятельно держаться на ногах. С помощью Горо Хирайямы и Дзуске Хирамы он добрался до штаб-квартиры в Мибу, где вместе с друзьями уединился в доме со своими женщинами. Именно это время Исами Кондо использовал для своего нападения. Первым в покои спящего командира ворвался Окита Содзи, атаковавший Серизаву без предупреждения. Отрезвлённый пониманием того, что его хотят убить, Серизава выхватил короткий меч и отразил атаку Содзи, легко ранив его. Но вслед за Окитой появился Тошизо Хидзиката. Будучи не в состоянии сражаться в полную силу из-за полученных ран, Камо Серизава не смог противостоять его напору и вскоре был убит. Его первый помощник, Горо Хирайяма, был убит Кейске Яманами и Саноске Харадой в ту же ночь. Сбежать с места расправы удалось лишь Дзуске Хираме.
Существует ряд противоречий о том, кто же на самом деле убил Камо Серизаву. Сын владельца дома, где произошла расправа, утверждал, что в ту ночь видел Окиту, Хараду и Яманами. Синпачи Нагакура писал в своих воспоминаниях, что в акции принимали участие Окита, Хидзиката, Тодо, а также Исетаке Микура (участие этого человека сомнительно, так как позже он был раскрыт как шпион патриотов из Тёсю). Сам Нагакура признался, что ничего не знал о готовящемся убийстве, и скорее всего Серизава был убит Окитой, Хидзикатой, Иное и Харадой. Если присовокупить ко всему вышесказанному письма уцелевшего Дзуске Хирамы, то можно сделать вывод, что Камо Серизаву убили Окита Содзи, Тошизо Хидзиката и ещё двое человек (либо Хейске Тодо, либо Гинзабуро Иное, либо Кейске Яманами, либо Саноске Харада).
На следующий день после убийства Исами Кондо разослал письма с трагической новостью о том, что Камо Серизава пал жертвой ночного нападения бандитов. 20 сентября 1863 года состоялась пышная траурная церемония, на которой собралось множество высокопоставленных чиновников провинции Айзу, а также два человека, которых называли старшими братьями убитого командира. В статусе нового командира Исами Кондо произнёс торжественную речь и всё время, пока шли похороны Серизавы и Хирайямы в храме Мибу, воины Новой Гвардии не выпускали оружие из своих рук.
16 сентября 1863 года принято считать датой возникновения настоящей Шинсенгуми. После смерти Серизавы всё командование перешло в руки Исами Кондо и его помощников - людей, безоговорочно преданных идеям, ради которых и создавалась Шинсенгуми. Именно они превратили Новую Гвардию в самое дисциплинированное и боеспособное воинское подразделение на службе сёгуната.

5 ИЮНЯ 1864 ГОДА - ДЕЛО ИКЕДА-Я
За два месяца до инцидента в гостинице "Икеда" (Икеда-я) внимание Шинсенгуми привлекли странности в поведении жителей Киото. Усиленные патрули и многочисленные осведомители помогли Исами Кондо узнать о том, что в городе тайно собираются самураи из провинций Тёсю и Хиго. Командование приказало установить слежку за одним из лидеров патриотов, Тейзо Миябе, и вскоре шпионы Шинсенгуми обнаружили тайный склад оружия, принадлежавший реформистам. Склад располагался в лавке Масуйя, хозяином которой был некто Сюнтаро Фурутака - патриот из Тёсю, известный в Киото под именем Киемон. Его арестовали за день до происшествия.
Синпачи Нагакура, капитан второго отряда Шинсенгуми, в своих мемуарах написал о допросе Фурутаки следующее: "Сперва его допрашивал лично Кондо-сэнсей, но Фурутака не сказал ни единого слова. Он по-прежнему вёл себя вызывающе, несмотря на боль от пыток, которым его подвергли. Поняв, что все наши усилия тщетны, к допросу Фурутаки приступил Хидзиката-сэнсей, который был известен под прозвищем "Демон Шинсенгуми". Он связал руки арестованного и подвесил его за ноги к потолку. После этого в ноги Фурутаке вонзили большие иглы, длиной около 12 сантиметров, и на каждую иглу насадили свечу, весом 100 монме (около 1,3 килограмма). Затем свечи подожгли. Фурутака был готов к смерти, но он не смог выдержать эту пытку более получаса - раскалённый воск от свечей начал проникать в окровавленные раны от игл. Лишь после этого Фурутака рассказал о тайном заговоре патриотов: 20 июня мятежники под предводительством Миябе планировали поджечь Киото, чтобы во время паники и беспорядков убить Такамори Мацудайру и Тасусико Нагаваномийю, после этого похитить Императора и перевезти его на территорию одной из мятежных провинций".
Детали заговора не стали для Шинсенгуми неожиданностью, но все понимали, что его исполнение грозило Киото пожаром, массовыми беспорядками и огромными жертвами среди мирного населения. Ситуация осложнялась нехваткой людей, так как почти половина воинов переносила сезонные болезни, поэтому Новая Гвардия запросила поддержку у армии Айзу, но дополнительные отряды не появлялись до поздней ночи. Было принято решение не дожидаться подкрепления и разделить оставшихся людей на два отряда, чтобы обойти все гостиницы и чайные дома Киото в поисках места тайной встречи патриотов. Первая группа, состоявшая из Кондо, Содзи, Нагакуры, Тодо и ещё шести человек, направилась к Икеда-я. В это же время, вторая группа под предводительством Хидзикаты (помимо 20 воинов в неё входили Харада, Иное и Сайто) устремилась в Сикоку-я - наиболее вероятное место собрания. Позднее выяснилось, что это был ложный след.
В 10 часов вечера Исами Кондо вошёл в Икеда-я через чёрный ход и потребовал для проверки книгу посещений. Заметив его, испуганный охранник побежал наверх, чтобы предупредить своих товарищей об облаве. Кондо устремился вслед за ним. На втором этаже он вломился в главную комнату и обнаружил в ней 30 заговорщиков. Кто-то быстро задул все фонари и комната погрузилась во мрак. Оказавшись один в темноте среди множества врагов, Кондо без колебаний вступил в бой. Несколько человек из его группы также поднялись наверх, чтобы помочь командиру, пока остальные ожидали внизу, отлавливая патриотов, пытавшихся сбежать из гостиницы. Спустя около часа, Шинсенгуми подвели итог этой схватки: в столкновениях были ранены два воина Новой Гвардии (один из которых позже скончался), 16 патриотов были убиты на месте, ещё 20 были арестованы в течении следующего дня. Прошёл уже год с тех пор, как Шинсенгуми впервые появилась в Киото, и победа над превосходящими силами противника (при соотношении 1:3) показала её возросшее мастерство. Жители столицы всегда негативно относились к Волкам Мибу, но даже им пришлось признать, что в деле Икеда-я воины Шинсенгуми проявили доблесть и отвагу, стремясь предотвратить поджог Киото. Благодаря этому инциденту, Новая Гвардия приобрела чрезвычайную популярность, в результате чего увеличился приток денег и рекрутов.

18 ИЮЛЯ 1864 ГОДА - ОТВЕТНЫЙ УДАР
Вскоре после инцидента в Икеда-я трёхтысячная армия провинции Тёсю выдвинулась в сторону Киото. Лидеры патриотов начали безнадёжную войну, исход которой был уже предрешён - сёгунат выставил против мятежников около 20 тыс. человек. Армии провинций Айзу и Сатсума вновь объединились, чтобы обеспечить оборону Императорского дворца, Шинсенгуми также не осталась в стороне от сражения. Решающая битва на улицах столицы длилась всего лишь несколько часов; в ней погибли 400 солдат Тёсю и 60 воинов бакуфу. В самом Киото полыхали пожары - 28 тыс. домов оказались в огне, выгорали целые кварталы вместе с жителями. Позже это противостояние стали называть Обречённой войной.

1865 ГОД - НОВАЯ ИЕРАРХИЯ ШИНСЕНГУМИ
Потери Шинсенгуми в битве с армией Тёсю оказались незначительными, и всё же Исами Кондо отправился в Эдо для набора новых рекрутов. Вскоре после его возвращения произошла очередная реорганизация Новой Гвардии, и в 1865 году появилась вторая и самая известная иерархия Шинсенгуми:
Командир (Souchou):
-Исами Кондо (Kondou Isami Masanobu (Masayoshi)).
Заместитель командира (Fukuchou):
-Тошизо Хидзиката (Hijikata Toshizou Yoshitoyo).
Военный советник (Sanbou):
-Каситаро Ито (Itou Kashitarou Takeaki).
Капитаны (Kumichou):
1 отряд: Окита Содзи/Соуши (Okita Souji (Soushi) Kaneyoshi (Fusanaga));
2 отряд: Синпачи Нагакура (Nagakura Shinpachi Noriyuki);
3 отряд: Хаджиме Сайто (Saitou Hajime);
4 отряд: Цудзи Мацубара (Matsubara Chuuji (Tadaji));
5 отряд: Канрюссай Такеда (Takeda Kanryuussai);
6 отряд: Гинзабуро Иное (Inoue Genzaburou Kazushige);
7 отряд: Санджуро Тани (Tani Sanjuurou);
8 отряд: Хейске Тодо (Toudou Heisuke Nobutora);
9 отряд: Микисабуро Сузуки (Suzuki Mikisaburou);
10 отряд: Саноске Харада (Harada Sanosuke).
Ответственные офицеры/капралы (Gochou):
-Кай Шимада (Shimada Kai);
-Содзи Кавасима (Kawashima Shouji (Katsuji));
-Нобутаро Хайяши (Hayashi Nobutarou);
-Эйске Окузава (Okuzawa Eisuke)
-Горо Маено (Maeno Gorou);
-Дзюро Абе (Abe Juurou);
-Такехачиро Каяма (Kayama Takehachirou);
-Тецугоро Ито (Itou Tetsugorou);
-Ёситаку Кондо (Kondou Yoshitaku);
-Масачика Кумебе (Kumebe Masachika);
-Васио Кано (Kanou Washio);
-Нобори Наканиши (Nakanishi Nobori);
-Козо Охара (Ohara Kouzou);
-Яби Томияма (Tomiyama Yabee);
-Косабуро Накамура (Nakamura Kosaburou);
-Котаро Икеда (Ikeda Kotarou);
-Кайске Хасимото (Hashimoto Kaisuke);
-Цукаса Ибараги (Ibaragi Tsukasa).
Наблюдение за внутренней дисциплиной и разведка (Roushi Torishimari Yaku Narabi Kansatsu Gata):
-Сусуму Ямазаки (Yamazaki Susumu);
-Сунтаро Огата (Ogata Shuntarou);
-Тайносин Синохара (Shinohara Tainoshin);
-Тадао Арай (Arai Tadao);
-Нобори Асийя (Ashiya Nobori);
-Каничиро Йошимура (Yoshimura Kan-Ichirou).
Ответственный за операции зачистки (Kanjou Gakari):
-Киcабуро Каваи (Kawai Kisaburou);
Учителя кендзюцу (Kenjutsu Shihan Gashira):
-Окита Содзи/Соуши (Okita Souji (Soushi) Kaneyoshi (Fusanaga));
-Хаджиме Сайто (Saitou Hajime);
-Синпачи Нагакура (Nagakura Shinpachi Noriyuki);
-Котаро Икеда (Ikeda Kotarou);
-Тадао Арай (Arai Tadao);
-Каничиро Йошимура (Yoshimura Kan-Ichirou);
-Торазо Танака (Tanaka Torazou);
-Такео Хаттори (Hattori Takeo).
Учителя рукопашного боя (Juujitsu Shihan Gashira):
-Тайносин Синохара (Shinohara Tainoshin);
-Тададзи Мацубара (Matsubara Tadaji);
-Сатаро Шинода (Shinoda Satarou).
Учителя литературы и культуры (Bungaku Shihan Gashira):
-Каситаро Ито (Itou Kashitarou Takeaki).
-Сунтаро Огата (Ogata Shuntarou);
-Канрюссай Такеда (Takeda Kanryuussai);
-Юноске Монай (Yuunosuke Mounai);
-Юзо Танба (Yuuzou Tanba).
Учителя артиллерийского дела (Houjutsu Shihan Gashira):
-Дзюро Абе (Abe Juurou);
-Киёси Киёхара (Kiyohata Kiyoshi).
Учитель конной подготовки (Bajutsu Shihan Gashira):
-Сайске Ясутоми (Saisuke Yasutomi).
Учитель боя с копьём (Soujutsu Shihan Gashira):
-Санджуро Тани (Tani Sanjuurou).

Основу новой иерархии Шинсенгуми составляли десять отрядов, капитаны которых подчинялись непосредственно командиру и его заместителю. Каждый отряд состоял из десяти человек, двое из которых были ответственными офицерами, подчинёнными капитану.

ВНУТРЕННИЕ ПРОБЛЕМЫ ШИНСЕНГУМИ
Несмотря на внешнее благополучие, внутри Новой Гвардии продолжалось ужесточение дисциплины, что часто приводило к появлению отступников - людей, нарушивших внутренний Кодекс подразделения.
За несколько месяцев до формирования новой иерархии в Шинсенгуми прогремело дело Кейске Яманами. Один из людей, с которым Исами Кондо и Тошизо Хидзиката прошли долгий путь от Росингуми до Новой Гвардии, со временем начал тяготеть к реформистам из движения "Сонно Дзёй". Это вынудило Кондо и Хидзикату ограничить круг общения Яманами, но вскоре их друг сбежал из своего отряда, что автоматически превратило его в предателя. Беглеца выследил Окита Содзи. Как и его учитель, Окита долгое время знал Кейске Яманами, поэтому ему был дан шанс сбежать снова, однако Кейске отказался и добровольно вернулся в штаб-квартиру Новой Гвардии, где и совершил самоубийство в наказание за нарушение второй статьи Кодекса. Внутренний устав не предусматривал более мягкого наказания для отступников, но смерть Яманами вызвала недовольство среди воинов Шинсенгуми. Кейске Яманами по праву считался очень честным и уважаемым человеком и многие были уверены, что Тошизо Хидзиката, отвечавший за поддержание внутренней дисциплины, поступил невероятно жестоко по отношению к своему другу. Но помимо Яманами в Новой Гвардии были и другие воины, чью жизнь решил Кодекс Шинсенгуми:
Кейноске Миура (Miura Keinosuke) - сын Сюзана Сакумы (одного из великих мыслителей времён Бакумацу). Высокомерный и заносчивый человек, неподобающее поведение которого бросало тень на всю Шинсенгуми;
Тададзи Мацубара (Matsubara Tadaji) - капитан 4 отряда Шинсенгуми. Был вынужден совершить самоубийство из-за любовной истории;
Киcабуро Каваи (Kawai Kisaburou) - ответственный за операции зачистки. Был вынужден совершить самоубийство из-за большого количества неоплаченных долгов;
Братья Тани (Мантаро, Санджуро и Кондо Сюэй) - были главными возмутителями спокойствия в подразделении. Санджуро Тани, капитан 7 отряда Шинсенгуми, позднее был убит Хаджиме Сайто.
Со временем штаб-квартира Шинсенгуми была перенесена в храм Ниси Хонган, за что Волков Мибу возненавидели местные монахи (и в особенности Канефуми Нишимура - первый человек, обобщивший и записавший историю Новой Гвардии.) Спустя несколько месяцев штаб-квартира вновь поменяла своё месторасположение, переехав в здание, специально выстроенное монахами. После этого побег совершил Канрюссай Такеда, капитан 5 отряда Шинсенгуми. Он присоединился к армии провинции Сатсума, но позднее был выслежен и убит Хаджиме Сайто.
Самый массовый случай дезертирства произошёл 10 марта 1867 года, когда Шинсенгуми покинуло сразу 15 человек, которых возглавил военный советник Каситаро Ито. Среди отступников оказались: Хаттори Такео, Дзюро Абе, Яби Томийяма, Нобори Наканиши, Микисабуро Сузуки, Тадао Арай, Васио Кано, Кайске Хасимото, Дзиро Наками, Тайносин Синохара, Хейске Тодо, Киёси Киёхара, Юноске Монай и Хаджиме Сайто. Тем не менее, вторая статья Кодекса оставалась неизменной - людей, покинувших отряд, ожидала смерть. Никто не знал о том, что среди предателей у Кондо и Хидзикаты был осведомитель. Им оказался капитан 3 отряда Шинсенгуми Хаджиме Сайто, который посылал точные сведения о передвижении Каситаро Ито и его людей, одновременно изображая из себя пьяницу и балагура (чтобы не выходить из образа, Сайто даже несколько раз совершал грабежи и посещал публичные дома). 18 ноября 1867 года отряд Ито был вовлечён в происшествие, известное как "Резня в Абуронокойе". И хотя многим отступникам удалось выжить, их предводители - Каситаро Ито, Хаттори Такео и Хейске Тодо - были убиты в бою. Этот инцидент не был забыт, и 18 декабря несколько человек из группы Ито предприняли попытку отомстить своим бывшим командирам - Окита Содзи чудом избежал смерти, а Исами Кондо был ранен в плечо в результате покушения. Хаджиме Сайто навсегда остался самым ненавистным человеком для тех, кто пережил схватку в Абуронокойе, так как именно его считали виновным в гибели Каситаро Ито.

ШИНСЕНГУМИ: ВОЙНЫ ПОСЛЕДНИХ ВОЛКОВ
Несмотря на все усилия, прилагаемые Кондо и Хидзикатой, уже ничто не могло остановить медленный распад Новой Гвардии, и немаловажную роль в этом сыграла политика. 2 января 1866 года при посредничестве Рёма Сакамото прошли переговоры между Когоро Кацурой и Такамори Сайго, после чего был заключён союз провинций Сатсума и Тёсю. Прошло почти два года, и 14 октября 1867 года последний сёгун Йошинобу Токугава был вынужден передать всю полноту государственной власти Императору Японии.
15 ноября 1867 года Рёма Сакамото был убит. По Киото поползли слухи о том, что в убийстве виновны Волки Мибу - якобы на месте преступления видели ножны Саноске Харады и принадлежащую ему обувь. В результате, Шинсенгуми возненавидели в Тосе, родной провинции Сакамото. Лишь два года спустя выяснилось, что Рёма Сакамото убили люди из отряда обороны Киото под предводительством Тадасабуро Сасаки. Тем не менее, патриоты были уверены в причастности к убийству некоего Ясутаро Миуры, который хитростью мог заставить Шинсенгуми убить Сакамото. 7 декабря 1867 года воины из Тосы организовали покушение на Миуру, но Тошизо Хидзиката, Хаджиме Сайто, Саноске Харада, Каничиро Йошимура, Ёситаро Кишима и Казе Сома сумели отбить нападение.
Около 5 часов вечера 3 января 1868 года пушечный залп возвестил о начале последней и самой грандиозной битвы времён Бакумацу. В первом сражении войны Бошин Новая Гвардия понесла огромные потери - было убито более тридцати человек, среди которых оказались капитан шестого отряда Гинзабуро Иное и командир разведки Сусуму Ямазаки. Шинсенгуми пришлось отступить в замок Осака, но Каничиро Йошимура (один из друзей Ямазаки) не пожелал покидать поле боя и совершил сэпукку. После битвы при Тобафушими Новая Гвардия перегруппировалась в Эдо. В подразделении осталось всего лишь 44 человека, поэтому Кондо и Хидзиката приняли решение выстроить третью иерархию, исходя из ограниченного количества людей:

Командир (Taichou):
-Исами Кондо (Kondou Isami Masanobu (Masayoshi)).
Заместитель командира (Fukuchou):
-Тошизо Хидзиката (Hijikata Toshizou Yoshitoyo).
Капитаны и помощники заместителя командира (Fukuchou Jokin):
-Окита Содзи/Соуши (Okita Souji (Soushi) Kaneyoshi (Fusanaga));
-Синпачи Нагакура (Nagakura Shinpachi Noriyuki);
-Сунтаро Огата (Ogata Shuntarou);
-Саноске Харада (Harada Sanosuke);
-Хаджиме Сайто (Saitou Hajime).
Внутренние расследования (Roushi Chouyaku):
-Кувадзиро Оойси (Ooishi Kuwajirou);
-Хаято Кавамура (Kawamura Hayato).
Ответственные офицеры/капралы (Gochou):
-Кай Шимада (Shimada Kai);
-Нобутаро Хаяси (Hayashi Nobutarou);
-Козо Кахара (Kahara Kouzou);
-Гиске Кондо (Kondou Gisuke);
-Такезо Шимура (Shimura Takezou);
-Масачика Кумебе (Kumebe Masachika);
-Сейчиро Озеки (Ozeki Seiichirou);
-Горо Маено (Maeno Gorou);
-Косабуро Накамура (Nakamura Kosaburou).
Бухгалтеры (Kaikeigata):
-Ютаро Кисидзима (Yutarou Kishijima);
-Кенноске Яучи (Yauchi Kennosuke);
-Исао Оотани (Ootani Isao);
-Сайске Ясутоми (Yasutomi Saisuke);
-Казуджизо Канзаки (Kanzaki Kazujizou).

КОНЕЦ ШИНСЕНГУМИ
28 февраля 1868 года на основе Шинсенгуми правительство сёгуната образовало новую армию Синбутай, но более половины воинов Новой Гвардии сразу же покинули её. 6 марта 1868 года силы бакуфу приняли участие в сражении с армией правительства Мэйдзи в Кацунуме, но, потерпев сокрушительное поражение, Синбутай распался.
Воины Шинсенгуми вновь были вынуждены отступить. Неопределённость ситуации породила несогласие Саноске Харады и Синпачи Нагакуры с решениями командиров, поэтому они предпочли образовать свой собственный отряд, Сейхитай, и отправиться в Айзу. Но вскоре Саноске Харада покинул Сейхитай и пришёл в Эдо, чтобы присоединиться к армии Шогитай.
1 апреля 1868 года штаб-квартира Шинсенгуми была перенесена из Эдо в Нагареяму, и спустя два дня её окружила объединённая армия Сатсумы и Тёсю. Чтобы вырваться из окружения, Исами Кондо вышел навстречу войскам, представившись вымышленным именем. Тем не менее, среди воинов нашлись люди, которые смогли опознать предводителя Шинсенгуми. Патриоты из провинции Тоса, обвинявшие Новую Гвардию в смерти Рёма Сакамото, сумели добиться для её командира самого сурового наказания и 25 апреля 1868 года Исами Кондо был обезглавлен в Итабаси. Ему было 35 лет.
Тем временем, туберкулёз забирал последние силы Окиты Содзи. Он находился в одном из госпиталей Эдо, и окружавшие Окиту люди были поражены добротой и стойкостью его характера. Несмотря на приближающуюся смерть, юноша всегда находится в бодром расположении духа и рассказывал смешные истории из своей жизни. Когда же известие о казни Исами Кондо достигло Эдо, никто не решился рассказать об этом Оките, несмотря на его постоянные вопросы о судьбе своего учителя. Окита Содзи скончался от туберкулёза 30 мая 1868 года в возрасте 25 лет.
4 апреля 1868 года Тошизо Хидзиката вместе с Кейске Отори образовал последнюю армию бакуфу, которая вступила в битву с силами нового правительства в Уцономийе. Вновь потерпев поражение, люди Хидзикаты были вынуждены отступить в Айзу. 5 апреля Хидзиката объединился с Такамори Мацудайрой. Спустя сутки Шинсенгуми была направлена в Сиракаву, чтобы поддержать один из отрядов бакуфу. Однако ранения Хидзикаты не позволили ему участвовать в этом рейде, поэтому командование Шинсенгуми принял Хаджиме Сайто (под именем Дзюро Ямагучи), который успешно использовал тактику партизанской войны против превосходящих сил армии Императора. 21 августа Новая Гвардия проиграла сражение при Бонари и отступила в один из замков Айзу. 4 сентября 1868 года четвёртый отряд Шинсенгуми под предводительством Хаджиме Сайто принял участие в жестоком сражении, в котором погибли почти все двадцать воинов.
20 октября 1868 года Тошизо Хидзиката вместе с немногочисленными остатками Шинсенгуми прибыл на острова Хоккайдо, где была образована новая штаб-квартира Новой Гвардии. 15 декабря Хидзиката был назначен министром обороны новообразованной республики Эзо, во главе которой встал адмирал Такеаки Эномото. В 1869 году армия правительства Мэйдзи атаковала Хоккайдо, чтобы положить конец всем вызовам новой власти. Тошизо Хидзиката возглавил оборону острова. Ему удалось добиться нескольких побед, однако 1 мая Шинсенгуми была вынуждена отступить в Хокадате. Тошизо Хидзиката погиб 11 мая 1869 года во время последней битвы войны Бошин. Ему было 35 лет. Эта смерть стала последней точкой в истории Новой Гвардии.
Из командиров Шинсенгуми только двоим удалось выжить и н